Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης, αρκετοί εύποροι μορφωμένοι Έλληνες διασκορπίζονται παντού στην Ευρώπη. Ο Σουλτάνος, όμως, καταλαβαίνει πολύ γρήγορα ότι δεν θα μπορέσει να οργανώσει τη διοίκηση ούτε να αναπτύξει την οικονομία και τη διπλωματία της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας χωρίς συνεργασία με τους μορφωμένους και έμπειρους Φαναριώτες. Έτσι, επιτρέπει στον Πατριάρχη να επανιδρύσει τη Μεγάλη του Γένους Σχολή, για να φοιτήσουν εκεί παιδιά από τις μεγάλες φαναριώτικες οικογένειες. Τελικά, απόφοιτοι αυτής της Σχολής είναι πολλοί από τους μετέπειτα αξιωματούχους της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας καθώς και οι ηγεμόνες των Παραδουνάβιων Ηγεμονιών.
Η Μεγάλη του Γένους Σχολή άλλαξε πολλά κτήρια μέχρι το 1883, οπότε ολοκληρώθηκε το σημερινό μεγαλοπρεπές της κτήριο στο Φανάρι, δίπλα στο Πατριαρχείο. Η ανέγερση τού κτηρίου κόστισε ένα αστρονομικό για την εποχή ποσό που το προσέφερε ο Φαναριώτης Γεώργιος Ζαρίφης, ενώ τα κόκκινα τούβλα, με τα οποία χτίστηκε η Σχολή, ήρθαν από τη Γαλλία.
Σήμερα, οι ντόπιοι ονομάζουν τη Μεγάλη του Γένους Σχολή «Κόκκινο Σχολείο» ή «Κόκκινο Κάστρο» λόγω του χρώματος τού κτηρίου της, του οποίου ο μεγάλος τρούλος χρησιμοποιείται και ως αστεροσκοπείο στα μαθήματα αστρονομίας, ενώ διαθέτει και τηλεσκόπιο.
